Rozwiązane. Zostawiam informacje, jakby ktoś miał ten sam problem:

Ten sam rachunek bankowy funkcjonował w innej spółce w Altum. System z jakiegoś powodu próbował zapisać do rejestru z innej spółki. 

W starej spółce gdy "zepsuło" się numer bankowy, to poprawie poszedł import.

Jeśli chodzi o:

Konfiguracja -> struktura firmy -> dostępność obiektów 

To ten rejestr jest aktywny.

Nie mogę odszukać jakieś różnicy między tym kontem bankowym o kilkoma innymi w których działa poprawnie.